A região que hoje é Bom Jesus do Norte, até 1964, data de sua emancipação, pertencia ao município de São José do Calçado.
No século XIX, os colonizadores Coronel José Dutra Nicácio, José Francisco de Melo, José Lima da Silveira, Marciano Lúcio e Caboclo Valério, em busca de terras para trabalhos agrícolas chegaram à região, situada às margens do Rio Itabapoana, fundando então um pequeno povoado, que veio a formar a cidade de Bom Jesus do Norte.
No ano de 1911, o povoado foi considerado distrito sobre a denominação de Bom Jesus do Jardim.
Em novembro de 1938 pela Lei nº 9.941 passou a denominar-se Bom Jesus do Norte, por estar ao norte do Rio Itabapoana.
Em dezembro de 1963 a Lei nº 1911 tornou o território, agora desmembrado de São José do Calçado, município. Sua instalação se deu no dia 9 de abril de 1964.