A história do município começa em 1581, quando o padre José de Anchieta construiu uma igreja de madeira na Planície de Muribeca, às margens do rio Itabapoana. Até então, a região era habitada por índios Puris e Botocudos.

Anchieta instalou ainda residência, oficinas, enfermaria, horto, pomar, criadouro de peixe, casa de farinha e usina de açúcar. Mais de um século depois, outro jesuíta, padre André de Almeida, instituiu nas imediações da igreja a Fazenda Muribeca, legalizada em 1702.

A propriedade foi uma das maiores fazendas pecuárias do Brasil, abrangendo sul do Espírito Santo e norte do Rio de Janeiro, até a região de Campos dos Goytacazes-RJ.

O território de Presidente Kennedy foi desmembrado de Itapemirim com a emancipação em 30 de dezembro de 1963, por meio da Lei Estadual nº 1918. A lei estadual de criação/fundação da cidade entrou em vigor no dia 4 de abril de 1964, assim conseguindo a sua autonomia administrativa, a chamada emancipação política.

O município se chamaria Batalha, mas com o assassinato do presidente norte-americano John F. Kennedy, o deputado estadual Adalberto Simão Nader tomou a iniciativa de sugerir que se homenageasse o político que criou a Aliança para o Progresso, programa de ajuda aos países do 3º Mundo.