A história de Muqui começa em 1850, com a chegada de imigrantes vindos do Vale do Rio Paraíba a procura de novas terras para o plantio do café. Inúmeras fazendas se formaram e em 1901 chega ao então Arraial, a Estrada de Ferro Leopoldina. A inauguração da estação ferroviária, em 1902, foi um marco definitivo para a economia local, alavancando um grande desenvolvimento, que resultou na malha urbana hoje existente.
Em função das fazendas de café, Muqui viveu um período de muita riqueza nas décadas de 20 e 30 do século XX. Construíram-se casarões, sobrados e palacetes, formando um belíssimo conjunto arquitetônico com características da arquitetura eclética requintada.
A palavra muqui é de origem indígena e significa “entre morros”.